.NET Framework 3.5(KB951847) の自動インストール中にストールしてしまったり、エラーが出てインストールできないことがある模様。
.NET Framework 1.0、1.1、2.0、3.0 または 3.5 用の更新プログラムをインストールするときに、Windows Update エラー コード “0x643” または Windows インストーラエラー コード “1603” が表示されることがある
上記を参考に、
・.NET Frameworkをすべて削除
・Windows Installer CleanUp ユーティリティ パッケージの実行
・.NET Frameworkの再インストール
で .NET Frameworkのバージョン1.0から3.5まで問題なく再インストールできた。
全部のバージョンをインストールしてもいいけど、結構時間がかかるので、削除前に自分のPCに入っているバージョンのみ再インストールすればいい。